تتعرّض الأبقار للإصابة بالأمراض أحيانًا. والأمراض الأكثر خطورة تشمل مرض الجمرة ومرض الساق الأسود والحبط (الانتفاخ البطني) ومرض البروسيلية ومرض القدم والفم ومرض التهاب الضرع ، وجميع هذه الأمراض معدية ما عدا مرض الجمرة ومرض التهاب الضرع. وبعض الأمراض، مثل مرض جنون البقر الذي يصيب الأبقار يوجد في بلدان قليلة فقط، فقد تسربت في المملكة المتحدة لحوم الأبقار المصابة بمرض جنون البقر إلى طعام البشر،
وبدأت السلطات هناك، منذ بداية التسعينيات من هذا القرن، في إعدام أعداد هائلة من الأبقار ووضعت أغلب دول العالم قيودًا صارمة على استيراد اللحوم والأبقار الحية من المملكة المتحدة. انظر: جنون البقر، مرض الجمرة مرض تسببه جرثومة تنتقل عن طريق التربة. وتدخل جسم الحيوان عن طريق الفم. ويسبب المرض حمى شديدة وغالبًا ما يسبب وقف إدرار الحليب، وقد يكون مميتًا للأبقار. انظر: الجمرة.
الساق السوداء أحد الأمراض الأكثر فتكًا. وعادة ما يصيب الحيوانات عندما يكون عمرها بين 6 و 18 شهرًا، وهو يسبب العرج والتشنج والتورم السريع وحمّى شديدة. ومرض الساق السوداء الذي تنقله جرثومة في التربة يتسبب في الموت خلال 12 إلى 48 ساعة.
الحبط (الانتفاخ البطني) حالة تتسبب فيها الغازات في تضخم المعدة الأولى (الكرش)، مما ينتج عنه ترنح الحيوان وضيق في التنفس. وقد تصاب الأبقار بهذا المرض عند رعيها في المراعي الغضة المورقة، خاصة عندما تكون هذه المناطق محتوية على نسبة عالية من البرسيم الحجازي وأنواع البرسيم الأخرى. وقد يسبب تغيير الغذاء، عندما تكون الأبقار شديدة الجوع، انتفاخ بطونها أيضًا. وقد يؤدي الانتفاخ الشديد إلى موت الأبقار بصورة مفاجئة.
البروسيلية يصيب الغدد اللمفاوية والضرع والأعضاء التناسلية للحيوان. وتصاب الأبقار بهذا المرض نتيجة للتغذية على العلائق غير النظيفة أو مواد أخرى. والأبقار المصابة غالبًا ما تتوقف عن الحمل. انظر: البروسيلية، مرض .
مرض القدم والفم يسببه فيروس. ويسبب هذا المرض العرج ويقلل من إنتاج الحليب. ولا تسمح الكثير من الدول باستيراد أبقار من بلدان عُرفت بانتشار هذا المرض فيها. انظر: مرض القدم والفم .
التهاب الضرع مرض يسبب خسائر فادحة للمزراعين خاصة بالنسبة لأبقار الحليب وتسببه جراثيم تهاجم الضرع. وتُحدث الجراثيم ضررًا جسيمًا عندما يجرح الضرع أو عند التعرض لأسطح باردة رطبة. حينذاك يصبح الضرع صلبًا ومنتفخًا ومؤلمًا. ويسبب المرض انخفاضًا في إنتاج الحليب وفي نوعيته. وتنقل الحشرات أمراضًا مثل الأنابلاسموزس الذي يشبه الملاريا،
والحمى القرادية وهو مرض تسببه قرادة الماشية. انظر: قرادة الماشية . وتضع ذبابات العقب بيضها على عقب الأبقار. وتصيب اليرقات جسم الأبقار وتحدث ثقوبًا في الجلد. ويقوم مربو الأبقار برش أبقارهم بالمبيدات الحشرية لقتل الذباب والحشرات. ويستخدم الأطباء البيطريون لقاحات وعقاقير ومضادات حيوية حديثة للمساعدة على بقاء الأبقار صحيحة ولعلاج الأمراض.
